Трансмиссия Audi A3 представлена пяти и шести ступенчатой коробкой передач. По желанию можно выбрать автомат или механика. Новой модели присуща новая система DSG. При использовании КПП, можно переключать скорости без использования тягового усилия. DSG представлена электро-гидравлической системой управляемости. При автоматическом переключении скоростей, передачи переключаются без участия водителя. При таком переключении автомобиль очень плавно ускоряется, при этом не используется тяговое усилие.